Η κατάργηση της Δ.Ο.Υ. Πλοίων αποτελεί ένα από τα βασικότερα θέματα που απασχολούν την ελληνική ναυτιλιακή βιομηχανία, η οποία αντιτίθεται στις προθέσεις της κυβέρνησης.
Αν και ο υπουργός Θαλασσίων Υποθέσεων, Γιάννης Διαμαντίδης σε απάντηση που έδωσε στον Υπεύθυνο του Τομέα Πολιτικής Ευθύνης Εμπορικής Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής της Νέας Δημοκρατίας Γιάννη Πλακιωτάκη επισημαίνει ότι δεν πρόκειται να καταργηθεί η Δ.Ο.Υ. έρχεται το Υπουργείο Οικονομικών το οποίο επισημαίνει ότι η αναδιοργάνωση των Κεντρικών και Περιφερειακών Φορολογικών Υπηρεσιών έχει τεθεί υπό διαβούλευση και δεν έχουν ληφθεί τελικές αποφάσεις.